Pierwsze wzmianki o Toniach
Pierwsze wzmianki o Toniach pochodzą z 1224 roku. Archidiakon krakowski Mikołaj Mikuła podarował je kapitule krakowskiej. W 1389 roku Władysław Jagiełło podniósł wieś z prawa polskiego na magdeburskie. Za czasów Jana Długosza wieś dzierżawiona była przez krakowskiego kanonika Jakuba z Dębna herbu Doliwa. W XVI w. właścicielem Toń był kanonik krakowski Bernard Wapowski najwybitniejszy polski kartograf, astronom, historiograf i sekretarz króla Zygmunta Starego. Lustracja dróg z 1570 r. potwierdza przebieg przez Tonie ważnego traktu komunikacyjno – handlowego z Krakowa na Śląsk. W 1587 r. w Toniach stacjonowały oddziały wojskowe pretendenta do tronu polskiego, arcyksięcia austryjackiego Maksymiliana Habsburga.
Działalność księdza Bieńkowskiego i generała Paszkowskiego.
W drugiej połowie XVIII w. Tonie stanowiły uposażenie księdza kanonika Ignacego Bieńkowskiego scholastyka krakowskiego, który w 1781 r. ufundował figurę św. Stanisława Biskupa z Piotrowinem. Od początku XIX w. do II wojny światowej Tonie znajdowały się w rękach kilku pokoleń rodziny Paszkowskich. Pierwszy z rodu Franciszek
Maksymilian Paszkowski herbu Zadora był generałem Wojska Polskiego, pisarzem, biografem i spadkobiercą Tadeusza Kościuszki. W 1820 r. otrzymał Tonie w wieczystą dzierżawę. Paszkowski zajął się sprowadzeniem ciała Tadeusza Kościuszki do Polski oraz stanął na czele komitetu organizującego uroczystości pogrzebowe w 1818 r., należał też do inicjatorów sypania kopca Kościuszki na Górze św. Bronisławy. Około 1880 r. na północnych obrzeżach Toń został wybudowany dwuwałowy fort główny artyleryjski nr 44 Tonie; rozbudowany w latach 1902-1908 jako pancerny. W 1892 r. z inicjatywy ks. Jana Michalika powstało Kółko Rolnicze w Toniach. W 1890 r. w Toniach funkcjonowała jednoklasowa szkoła ludowa.
XX w. w Toniach
W latach 1901 do 1912 mieszkał w Toniach, wybitny krakowski poeta i dramaturg Lucjan Rydel z żoną Jadwigą Mikołajczykówną. Podczas pobytu w Toniach napisał słynne widowisko jasełkowe; „Betlejem polskie”, wystawiane w dworskiej stodole w Toniach w latach 1906 i 1907, na które specjalnie dowożono gości z Krakowa.
W 1920 roku powstała w Toniach Ochotnicza Straż Pożarna.
W 1933 r. powstał klub sportowy „Tonianka”. W 1936 roku zostało założone Polskie Stronnictwo Ludowe w Toniach. W 1941 r. Tonie zostały włączone do Krakowa. 28 marca 1977 r. przy figurze św. Stanisława odprawiał Mszę św. ksiądz kardynał Karol Wojtyła. W księgach parafialnych znajdują się własnoręczne wpisy upamiętniające to wydarzenie.
We wrześniu 1990 r. do Toń przyjechał ks. Jan Urbański wraz z ks. Adamem Adamskim ze Zgromadzenia Księży Filipinów w celu objęcia troską duszpasterską tutejszych mieszkańców i zorganizowania parafii. W roku 1991 został wybudowany kościół św. Stanisława Biskupa i Męczennika.
Nowy Budynek Kościoła
26 października 1991 roku ks. kardynał Franciszek Macharski wmurował kamień węgielny i odprawił pierwszą Mszę św. w nowym kościele. Prace w budowanym kościele trwały dalej, a po kilku miesiącach 7 maja 1992 r. ks. kardynał Franciszek Macharski ofiarował do naszego kościoła relikwie św. Stanisława Biskupa i Męczennika z Katedry Wawelskiej.
Wielkie zmiany lat 90'
W 1993 r. odbyła się pierwsza wizytacja kanoniczna, którą przeprowadził ks. kardynał Franciszek Macharski. Jej owocem było utworzenie Ośrodka Duszpasterskiego św. Stanisława Biskupa i Męczennika.
W 1995 roku zostały ufundowane trzy dzwony: ku czci Najświętszej Maryi Panny, św. Stanisława Biskupa i Męczennika oraz św. Filipa Neri, które zaprojektował ks. Jan Urbański – duszpasterz Toń. Dzwony poświęcił metropolita krakowski ks. kardynał Franciszek Macharski. W tym też roku odbyły się pierwsze misje święte, prowadzone przez ojców redemptorystów.
Organizacje przy parafii oraz Jubileusz 2000lecia
Od roku 1997 Ośrodek Duszpasterski prowadzi Katolicki Dom Kultury, Klub Sportowy św. Filipa. W 1998 r. Ośrodek Duszpasterski św. Stanisława Biskupa i Męczennika w Krakowie -Toniach nawiedziła kopia cudownego obrazu Matki Boskiej Częstochowskiej.
W roku Wielkiego Jubileuszu 2000-lecia w naszym kościele została odprawiona Msza św., której przewodniczył ks. biskup Jan Szkodoń. W czasie uroczystości został poświęcony pamiątkowy, jubileuszowy dzwon ofiarowany Chrystusowi Królowi Wszechświata, jako pamiątka 2000-lecia chrześcijaństwa i 1000-lecia Archidiecezji Krakowskiej.
Prace na początku XXI wieku i rozbudowa wspólnot parafialnych
W 2001 roku przeprowadzone zostały znaczące prace w kościele, wykonano wystrój wnętrza, a mianowicie: barokowe sztukaterie, malowanie całego wnętrza, freski przedstawiające wydarzenia z życia Jezusa, 8 obrazów o pow. 6 m2 każdy, 200 m2 złoceń, 25 witraży i stacje Drogi Krzyżowej według średniowiecznego malarstwa tablicowego. W ramach duszpasterstwa działa wspólnota ministrantów, lektorów, schola dziewczęca, Róże Żywego Różańca oraz Katolickie Stowarzyszenie Kultury i Sportu a w nim Klub Sportowy św. Filipa.
Zmiany w ostatnich latach
W 2003 r. wybudowany został przy kościele obszerny parking oraz zagospodarowane otoczenie kościoła i część ogrodzenia. W 2006 r. kościół został otynkowany z zewnątrz. W tym też roku, ksiądz kardynał Stanisław Dziwisz ustanowił w Toniach Rzymskokatolicki Rektorat Świętego Stanisława B.M. W roku 2009 staraniem ks. Jana Urbańskiego kościół został wyposażony w organy piszczałkowe a w 2010 roku wybudowany został Ołtarz Wielki.
